Détection de méthylation de l’ADN à partir de lecture ONT

Les modifications de l’ADN et en particulier la méthylation des cytosines en 5mC sont un sujet d’étude important en épigénomique. En effet, il a été montré que cette modification pouvait avoir le rôle de marqueur épigénétique chez les animaux, c’est-à-dire avoir un rôle dans le contrôle de l’expression de gènes. Jusqu’à présent, la méthode de détection de méthylation de référence est le WGBS qui nécessite de traiter chimiquement l’ADN et qui ne produit que des lectures courtes. Aujourd’hui nous nous intéresseront au séquençage par nanopore (ONT) qui permet de séquencer des longues lectures et de détecter les modifications de l’ADN, dont la méthylation des cytosines, simultanément et sans traitement de l’ADN au préalable. En revanche cette approche reste encore instable, aussi bien en matière de matériel de séquençage qu’en matière de logiciel. Dans cette présentation j’introduirais le concept de séquençage nanopore ainsi que son apport pour les analyses de méthylation. Je parlerais ensuite de notre travail visant à acquérir une expertise sur ces nouvelles méthodes et à améliorer la qualité des résultats obtenus (entraînement de nouveaux modèles de prédictions). Ce travail est réalisé dans le cadre du projet SeqOccIn, porté par les plateformes Get et Bioinfo de Genotoul.