Christophe Klopp (séminaire interne)
Résumé : Dans le cadre du PEPR Agroécologie et numérique, au sein programme BReIF, nous avons mis en place une plate-forme de service pour aider les biologistes à assembler, annoter des génomes et construire des pangénomes pour leurs espèces d’intérêt. Les deux premiers génomes que nous avons traités sont la luzerne et le dactyle qui sont auto-tétraploïdes. L’autopolyploïdie est courantes chez les plantes. Elle complique l’assemblage du génome à cause de la ressemblance des différents haplotypes mais aussi à cause du manque de logiciels adaptés à ces configurations de génomes. La situation évolue et dans ses dernières versions hifiasm permet, en présence de données Hi-C, de produire plus de deux haplotypes. Malheureusement ceux-ci sont souvent mal-équilibrés. Nous avons développé et je vous présenterai une approche pour améliorer ces résultats.