Programme

9h00 - 9h20 Mathieu Valdeyron

• Méthodes computationnelles pour des modèles de semi-Markov cachés avec effets mixtes - applications à des modèles de ramification de plantes
• Encadrant(s)s : Sandra Plancade, Jean-Baptiste Durand, Nathalie Peyrard
• Année : 2

9h20 - 9h35 Mathis Campredon

• Phénotypage du comportement à partir de données de biologging par des modèles de semi-Markov cachés pour étudier les réponses comportementales de la faune sauvage en milieu naturel 
• Encadrant(s)s : Sandra Plancade, Stéphane Couture, Nicolas Morellet (CEFS), Nathan Ranc (CEFS)
• Année : 1

9h35 - 9h55 Ismaël Blanchard

• Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes d’abricotiers : focus sur les variants structuraux
• Encadrant(s)s : Benjamin Linard, Véronique Decroocq
• Année : 3

9h55 - 10h15 Prasanna Maddila

• Developing Reinforcement Learning approaches in Stochastic Games for real-time co-ordination of autonomous planning agents - Application to conservation Games
• Encadrant(s)s : Meritxell Vinyals, Régis Sabbadin
• Année : 3

10h15 - 10h30 Joachim Galy

• Interactions entre risques et bénéfices multiples dans un système de bioéconomie circulaire
• Encadrant(s)s : Stéphane Couture, Rallou Thomopoulos
• Année : 1

10h30- 11h0 PAUSE

11h00 - 11h15 Alexandre  Lhuisset

• Apprentissage des équilibres de Stackelberg-Nash dans des jeux à information incomplète, pour la conception de politiques publiques : application à l’assurance forestière sous risques multiples.
• Encadrant(s)s : Stéphane Couture, Meritxell Vinyals, Régis Sabbadin
• Année : 1

11h15 - 11h35 Nina Marthe

• Annotation de graphes de pangénomes
• Encadrant(s)s : Matthias Zytnicki, François Sabot
• Année : 3

11h35 - 11h50 Guidio Sewa

• Boosting discrete optimization bounds using deep and reinforcement learning for planning and scheduling applications
• Encadrant(s)s : Thomas Schiex, Simon de Givry et George Katsirelos
• Année : 1

11h50 - 12h10 Siegfried Dubois

• Étude des graphes de variations pangénomiques
• Encadrant(s)s : Matthias Zytnicki, Claire Lemaitre et Thomas Faraut
• Année : 3

12h10- 13h40 PAUSE MIDI

13h40 - 13h55 Coralie Marchau

• Conception par apprentissage d’algorithmes d’optimisation discrète sous contraintes de ressources de calcul limitées
• Encadrant(s)s : Samir Loudni, Simon de Givry et Charles Prud’homme
• Année : 1

13h55 - 14h15 Alexis Mergez

• Correction d’assemblage par deep learning
• Encadrant(s)s : Matthias Zytnicki, Raphaël Mourad et Guillermina Hernandez-Raquet
• Année : 2

14h15 - 14h35 Noémien Maillard

• Deep learning pour la génétique porcine
• Encadrant(s)s : Raphaël Mourad, Julie Demars
• Année : 3

14h35 - 14h55 Élise Jorge

• Analyse comparative de données de génomique 3D
• Encadrant(s)s : Nathalie Vialaneix, Sylvain Foissac, et Pierre Neuvial
• Année : 3

14h55 - 15h10 Emma Rodriguez

• Développement et mise en oeuvre d’approches d’apprentissage pour l’étude des modifications de l’ARN en lien avec l’adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana
• Encadrant(s)s : Nathalie Vialaneix, Christine Gaspin, Julio Saez Vasquez et Benjamin
• Année : 1

15h10- 15h40 PAUSE

15h40 - 15h55 Kossi-Julien Kowou

• Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle
• Encadrant(s)s : Nathalie Vialaneix, Andrea Rau
• Année : 1

15h55 - 16h10 Adele Coppel

• Rôle de la mécanoperception de signaux abiotiques dans la régulation des interactions plante/micro-organismes en relation avec la réponse immunitaire végétale
• Encadrant(s)s : Adelin Barbacci et Frédérick Garcia
• Année : 1

16h10 - 16h30 Aldair Martinez Pineda

• Impact de l’environnement nucléotidique sur l’évolution de l’hémagglutinine des virus influenza A
• Encadrant(s)s : Romain Volme, Christine Gaspin 
• Année : 2

16h30 - 16h45 Bessam Azizi

• Modèles génératifs pour le design de protéines
• Encadrant(s)s : Sophie Barbe (TBI-INSA), Thomas Schiex
• Année : 1

16h45 - 17h05 Nadia Bessoltane (en visio)

• Optimisation des méthodes d’intégration multi-omiques pour l’étude de la biologie des graines de la Cameline
• Encadrant(s)s : Marie-Laure Martin, Loïc Rajjou, Massimiliano Corso, Anne Goelzer
• Année : 2

17h05 - 17h10 Mikail Kelleci

• METAVIRAL - Evaluation de l’apport de la métagénomique clinique par 3ème génération de séquençage pour l’identification de virus émergents
• Encadrant(s)s : Jean-Luc Guérin et Benjamin Linard
• Année : 0