Deep learning pour l’amélioration d’assemblages

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki (MIAT, INRAE), Raphaël Mourad (MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco

Directeurs de thèse : Nathalie Peyrard (MIAT, INRAE), Jean-Baptiste Durand (AMAP, CIRAD), Sandra Plancade (MIAT, INRAE)
Début de thèse : 1 octobre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% MathNum (INRAE)

These SCIDYN

Développement de consortia bactériens synthétiques via des outils de microfluidiques

Directeurs de thèse : Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI), Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 4 Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : Projet ECO-DROP 3BCar – INRAE/INSA, Projet COLLIMATOR (PEPR B-BEST ANR),

These Genotoul Bioinfo

Impact de l’environnement nucléotidique sur l’évolution de l’hémagglutinine des virus influenza A

Directeurs de thèse : Romain Volmer (UMR 1225 IHAP INRAE ENVT), Christine Gaspin (UR0875, INRAE, MIAT)
Co-encadrante : Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : ANR « RISKEVOL » et projet européen ICRAD « FLU-SWITCH »,

These SaAB Genotoul Bioinfo

Analyse comparative de données de génomique 3D

Directrices de thèse : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : DG INRAE

These SaAB

Développement d'approches d'apprentissage par renforcement dans les jeux stochastiques pour la coordination en temps réel d'agents de planification autonomes - Application aux jeux de conservation

Directeurs de thèse : Régis Sabbadin (INRAE, MIAT), Meritxell Vinyals (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Novembre 2023
École doctorale : MITT
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : 100% Financement ANR, Projet CHIP-GT

These SCIDYN

Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes de deux espèces d’arbres forestier (le chêne sessile) et fruitiers (l’abricotier) : focus sur les variants structuraux

Encadrants de thèse : Véronique Decroocq (INRAE, BFP), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 14 septembre 2023
École doctorale : ED154 SVS
Établissement : Université de Bordeaux
Financement : Bourse ministèreille, MESR

These SaAB

Méthodes statistiques d'inférence de réseaux de régulation de gènes.

Encadrantes : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT) & Anne Goelzer (INRAE, MaIAGE)
Période : 2023-2024

Postdoc SaAB

Analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

Directrices de thèse : Martin Beaumont (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : Projet MetaboWean, financé par l’ANR, programme JCJC

These SaAB

Développements de modèles statistiques pour l’analyse et l’intégration de données omiques longitudinales, application aux photogranules

Directrices de thèse : Rémi Servien (LBE, INRAE Narbonne), Nathalie Vialaneix et Marie Tremblay-Franco (Toxalim, INRAE Toulouse)
Début de thèse : 1er octobre 2022
Ecole doctorale : I2S
Etablissement : Université de Montpellier
Financement : Projet PANORAMICS, financé par l’ANR, programme JCJC

These SaAB

Intégration de données multi-omiques de la peau issues d'expériences multi-groupes

Directrices de thèse : Céline Brouard et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2022
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : Université Toulouse III
Financement : Pierre Fabre Dermo-Cosmétique (CIFRE)

These SaAB

Apprentissage par renforcement à base de modèles pour le contrôle de processus de décision semi-markoviens déterministes par morceaux, partiellement observables.

Directeurs de thèse : Benoîte de Saporta (IMAG, Montpellier), Alice Cleynen (IMAG-CNRS, Montpellier), Régis Sabbadin (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1 septembre 2022
Établissement : Université de Montpellier
Financement : 100% ANR HSMM-INCA

These SCIDYN

Nouveaux modèles de Semi-Markov caché multi-chaînes pour les dynamiques de métapopulation avec population partiellement observable.

Directeurs de thèse : Nathalie Peyrard (INRAE, MIAT), Nikolaos Limnios (UTC) , Pierre-Olivier Cheptou (CEFE)
Début de thèse : 1 octobre 2021
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% ANR, 50% département MathNum

These SCIDYN

Utilisation de la simulation à base d’agents et de la théorie de l’argumentation pour mieux appréhender la diffusion et l'appropriation des outils numériques en agriculture.

Directeurs de thèse : Patrick Taillandier (INRAE, MIAT), Rallou Thomopoulos (INRAE, IATE), Stéphane Couture (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1 novembre 2020
École doctorale : MITT
Établissement : UT3 - Université de Toulouse
Financement : 50% #Digitag, 50% département MathNum

These SCIDYN

Thèses et postdocs terminés

Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Andrea Rau (INRAE, GABI)
École doctorale : MITT
Jusqu’à septembre 2024
Établissement : INSA Toulouse
Financement : 100% PEPR Agroécologie et numérique - AgroDiv

These SaAB

Apprentissage statistique pour l'identification d'OTUs et la caractérisation de la biodiversité.

Directeurs de thèse : Alain Franc (INRA BioGeCo), Olivier Coulaud (INRIA Hiepacs), Nathalie Peyrard
Soutenane : 2 février 2023
École doctorale : EDMI (Bordeaux)
Financement : bourse INRA-INRIA

These SCIDYN

Identification, développement et test d'indicateurs de la vulnérabilité au changement climatique de systèmes de culture maïsicoles intégrant des pratiques agroécologiques.

Directeurs de thèse : Magali Willaume (INRAE AGIR), Jacques-Eric Bergez (INRAE, AGIR), Stéphane Couture
Soutenance : 9 février 2023
École doctorale : SEVAB
Financement : bourse ACCAF-Région

These SCIDYN

Algorithmique des jeux pour la gestion en agro-écologie.

Directeurs de thèse : Hélène Fargier (IRIT, CNRS-Université de Toulouse), Régis Sabbadin
Soutenance : 24 novembre 2022
École doctorale : Mathématiques, Informatique et Télécoms, Toulouse (MITT°.
Établissement : UT3 - Université de Toulouse
Financement : 50 % INRAe + 50 % Région Occitanie

These SCIDYN

Optimisation multicritères et design de protéines (SpaceHex)

Responsables : Thomas Schiex
Période : 2022-2024
Projets : SPACEHEX et ANDES

Postdoc SaAB

Exact Methods for Bayesian Network Structure Learning

Directreurs de thèse : George Katsirelos (MIA Paris), Simon De Givry
Soutenue le : 31/03/2022
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INRAE
Financement : ANR DemoGraph

These SaAB

Design de protéines multi-états et thermostabilisation

Directeurs de thèse : Thomas Schiex & Sophie Barbe (LISBP)
Soutenue le : 05/03/2021
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INRA
Financement : INRA & Région

These SaAB

Design de protéines et réseaux de fonctions de coûts

Directeurs de thèse : Thomas Schiex & Sophie Barbe (LISBP)
Soutenue le : 01/03/2021
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : UPS
Financement : ENS Rennes

These SaAB

Intégration de données métabolomiques par quantification de données haut débit et application à l’analyse des causes de la mortalité périnatale chez le porc

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (MIAT, INRA), Rémi Servien (InTheRese, INRA), Laurence Liaubet (GenPhySE, INRA), Hélène Quesnel (PEGASE, INRA)
Soutenue le : 02/07/2021
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : Université Toulouse Capitole (Toulouse I)
Financement : 50% départements MIA/GA/SA - 50% #DigitAg

These SaAB

Analyse de données RNAseq pour la narcolepsie

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki et Roland Liblau (INSERM)
Soutenue le : 18/10/2021
Ecole doctorale : BSB
Etablissement : INSERM
Financement : BSB

These SaAB

La représentation compacte des jeux ordinaux.

Directeurs de thèse : Nahla Ben Amor (ISG Tunis), Régis Sabbadin
Soutenance : 10 juin 2021
École doctorale : Informatique et Sciences de gestion
Établissement : Institut Supérieur de Gestion, Tunis.
Financement : ISG

These SCIDYN

Classification hiérarchique sous contrainte de contiguïté pour l’analyse de données Hi-C

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (MIAT, INRA), Marie Chavent (IMB & Inria), Pierre Neuvial (IMT & CNRS) et Sylvain Foissac (GenPhySE, INRA)
Soutenue le : 27/10/2021
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : Université Toulouse III (Paul Sabatier)
Financement : 100% département INRAE/MIA (appel INRA/Inria)

These SaAB

Apprentissage de Modèles Graphiques pour le design de protéines

Directeurs de thèse : Sophie Barbe (INRAE.INSA Toulouse), Thomas Schiex
Soutenance : 30 novembre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INRAE/INSA
Financement : 100% EUR BIOECO

These SaAB

Apprentissage Pseudo-Booléen pour le raisonnement sur Modèles Graphiques

Directeurs de thèse : George Katsirelos (MIA Paris, INRAE), Simon de Givry
Soutenance : 15 décembre 2023
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INRAE
Financement : 100% ANITI - UPS

These SaAB

Assemblage de génomes complexes à partir du séquençage de longs fragments d’ADN en molécules uniques (SeqOccIN)

Responsables : Matthias Zytnicki
Période : 2019-2021

Postdoc SaAB

Minorants convexes pour le raisonnement sur Modèles Graphiques

Directeurs de thèse : George Katsirelos (MIA Paris, INRAE), Thomas Schiex
Soutenance : 15 décembre 2023
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INRAE
Financement : 100% ANITI - UPS

These SaAB

Reconstruction de réseaux de régulation de résistance pour un couple plante/pathogène, par des méthodes de statistiques et d'intelligence artificielle.

Encadrants : Sylvain Raffaele (LIPM) et Frédérick Garcia.
Début de PostDocs : Avril 2020 (12 mois).
Financements : ANR, projet PROBITY.

Postdoc SCIDYN

Améliorer les prévisions à court et moyen termes des modèles agronomiques en prenant mieux en compte l'incertitude des prévisions météorologiques.

Directeurs de thèse : Laure Raynaud (Météo-France), Robert Faivre
Co-directeur : François Brun (ACTA)
Soutenance : 8 décembre 2020
École doctorale : Sciences de l’Univers, de l’Environnement et de l’Espace (Toulouse 3)
Établissement : UT3 - Université Toulouse 3 Paul Sabatier
Financement : 50 % #DigitAg + 50 % ACTA-Arvalis-IFV

These SCIDYN

Optimisation en haute dimension pour l'aéodynamique interne et externe de véhicules.

Directeurs de thèse : Rodolphe Le Riche (LIMOS, Mines Saint Etienne)
Co-directeur : Victor Picheny
Soutenue le : 28 octobre 2019
Ecole doctorale : Saint Etienne
Etablissement : Mines Saint Etienne
Financement : CIFRE PSA

These SCIDYN

Conservation based on ecosystem complexity using network theory.

Directrice de thèse : Eve MacDonald-Madden (Univ. of Queensland)
Co-directeurs : Iadine Chadès (CSIRO) et Régis Sabbadin.
Thèse obtenue en : 2019
Ecole doctorale : School of Geography, Planning and Environmental Management
Etablissement : University of Queensland
Financement : UQ

These SCIDYN

Métamodélisation et optimisation robuste : application à la recherche d'idéotypes de plantes sous incertitude climatique.

Directeurs de thèse : Aurélien Garivier (IMT) et Robert Faivre
Co-directeur : Victor Picheny
Soutenue le : 17 décembre 2019
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : UPS
Financement : 50% région Midi-Pyrénées, 50% INRA
Labellisation : #DigitAg

These SCIDYN

Comprendre et contrôler les phénomènes de priming des plantes par stimulation acoustique pour la résistance aux stress biotiques.

Directeurs de thèse : Frédérick Garcia, Adelin Barbacci (LIPM)
Soutenance : 21 mars 2024
École doctorale : Mathématiques, Informatique et Télécoms, Toulouse (MITT).
Établissement : UT3 - Université de Toulouse
Financement : 50 % INRAe + 50 % Région Occitanie

These SCIDYN

Méthodes approchées d'optimisation combinatoire en programmation mathématique. Application à la conception de vergers maraîchers

Directeurs de thèse : Gauthier Quesnel, Simon de Givry et Marc Tchamitchian
Soutenue le : 23/09/2019
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : MITT

These SaAB

Analyse de la dynamique évolutive de petits ARNs non-codants bactériens : mise au point d'une stratégie et application aux firmicutes

Directrices de thèse : Hélène Chiapello et Christine Gaspin
Soutenue le : 5/01/2018
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : 50% Inra - 50% région

These SaAB

Intégration de données hétérogènes complexes à partir de tableaux de tailles déséquilibrées

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (MIAT, INRA) et Nathalie Viguerie (I2MC, INSERM)
Soutenue le : 19/10/2018
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : Université Toulouse Capitole (Toulouse I)
Financement : 50% Methodomics - 50% région

These SaAB

Vers des agents cognitifs, affectifs et sociaux dans la simulation.

Directeur de thèse : Laurent Vercouter
Co-directeur : Patrick Taillandier
Soutenue le : 30 novembre 2018
Ecole doctorale : SPMII
Etablissement : INSA de Rouen
Financement : ANR ACTEUR
[Manuscrit]

These SCIDYN

Dégradation de la lignine par des consortia microbiens issus de termites : Enrichissement et caractérisation des communautés bactériennes par des approches (bio-)chimiques et métagénomiques

Directeurs de thèse : Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI), Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1 Octobre 2017
Soutenue le : 13/12/2021
École doctorale : SEVAB
Établissement : TBI - Toulouse Biotechnology Institute, Bio & Chemical Engineering
Financement : Projet Zelcor (EU - Horizon 2020 - consortium Bio-based industries) - TBI - INRAE - IRD - Université de Wageningem - Université de Kyoto

These Genotoul Bioinfo

Apprentissage statistique pour l’intégration de données de sources et de natures multiples

Directrice de thèse : Nathalie Villa-Vialaneix (MIAT, INRA)
Soutenue le : 15/12/2017
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : salarié (Ingénieur d’Études MIA-T)

These SaAB

Algorithm optimization for protein design

Directeur de thèse : Thomas Schiex
Co-directeur : Sophie Barbe
Soutenue le : 18/12/2017
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INRA
Financement : 50%INRA 50%Region

These SaAB

Sélection de facteurs de transcription liés à la sécheresse pour le tournesol (SUNRISE)

Responsables : Simon de Givry et Brigitte Mangin
Période : 05/2017 à 07/2017

Postdoc SaAB

Comprendre le processus de prise de décision opérationnelle en agriculture : une approche en rationalité limitée.

Directeur de thèse : Roger Martin-Clouaire
Co-directeur : Stéphane Couture
Soutenue le : 17 janvier 2017
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INPT
Financement : 50% MIA, 50% SAE2
[Manuscrit]

These SCIDYN

Multi-objective optimization applied to the management of landscapes provisioning several ecosystem services.

Responsables: Nathalie Peyrard et Régis Sabbadin
Période : 09/17 à 02/19
Laboratoires : Collaboration entre INRA-MIAT et INRA-DYNAFOR

Postdoc SCIDYN

Reconstruction d'un réseau de régulation de gènes liés à la sécheresse pour le tournesol (SUNRISE)

Responsables : Simon de Givry et Brigitte Mangin
Période : 10/2017 à 03/2020

Postdoc SaAB

Biologie intégrative des réponses au stress et robustesse chez le porc

Directeur de thèse : Pierre Mormède (GenPhySE, INRA)
Co-directrices : Elena Terenina (GenPhySE, INRA) & Nathalie Villa-Vialaneix (MIAT, INRA)
Soutenue le : 27/10/2016
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : ANR (projet SusOStress) & Région Midi-Pyrénées

These SaAB

Optimisation et design d'enzymes

Responsables : Sophie Barbe (LISBP), Thomas Schiex
Période : 09/2016 à 12/2017

Postdoc SaAB

Understanding the Human-Restricted Host Tropism of Typhoidal Salmonella (Sal Host Trop)

Responsables : Héléne Chiapello et Thomas Schiex
Période : 06/2016 à 11/2017

Postdoc SaAB

Résolution de processu décisionnels de Markov à espace d'état et d'action factorisés. Application en agroécologie.

Directrice de thèse : Nathalie Peyrard
Co-directeurs : Régis Sabbadin, Sabrina Gaba (UMR Agroécologie, INRA Dijon)
Soutenue le : 9 octobre 2015
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : INSA
Financement : MITT
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

These SCIDYN

Réseau bayésien dynamique étiqueté : cadre et apprentissage de structure pour application aux réseaux écologiques.

Directeur de thèse : Régis Sabbadin
Co-directrice : Nathalie Peyrard
Début de thèse : 1 novembre 2015
Soutenue le : 24 janvier 2019
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : UPS
Financement : MITT
Manuscrit, transparents de la soutenance

These SCIDYN

Filtrage dans les réseaux de contraintes pondérées

Directeur de thèse : Thomas Schiex
Soutenue le : 15/01/2015
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : Contrat ANR

These SaAB

Un modèle de Markov caché pour la dynamique des adventices dans un agrosystème.

Directrice de thèse : Nathalie Peyrard
Co-directeur : Pierre-Olivier Cheptou (CEFE Montpellier)
Début de thèse : 1 novembre 2015
Soutenue le 12 mars 2019
Ecole doctorale : MITT
Etablissement : UPS
Financement : 50% région Midi-Pyrénées, 50% projet Agrobiose
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

These SCIDYN

Recherche de facteurs génétiques impliqués dans l'élaboration du rendement sous contrainte hydrique chez le tournesol Helianthus annuus par génétique d'association et analyse de liaison dans une population recombinante

Soutenue le : 14/02/2014
Directrice de thèse : Brigitte Mangin
Co-directeur : Patrick Vincourt (Laboratoire des Interactions Plantes Microorganismes, INRA Toulouse)
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques,Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénieries (Toulouse III)

These SaAB

Contribution à la modélisation et l'inférence de réseau de régulation de gènes

Directeur de thèse : Sébastien Gadat (Institut Mathématique de Toulouse)
Co-directeurs : Christine Cierco-Ayrolles et Matthieu Vignes
Soutenue le : 05/12/2014
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : MENRT
Mots-clés : Statistiques, grande dimension, régression, parcimonie, optimisation.
Manuscrit : Manuscrit (français), Soutenance

These SaAB

Approche modulaire pour la planification continue. Application à la conduite des systèmes de cultures.

Directeur de thèse : Frédérick Garcia
Co-directeurs : Alexandre Joannon (INRA, SAD Rennes), Gauthier Quesnel
Soutenue le : 15 Mai 2013
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

These SCIDYN

Optimisation et design d'enzymes

Responsable : Thomas Schiex
Période : 04/2013 à 08/2013

Postdoc SaAB

Outiller l'adaptation des élevages fourragers au changement climatique: de l'analyse de la vulnérabilité à la conception participative de systèmes d'élevage.

Directeur de thèse : Roger Martin-Clouaire
Co-directeur : Michel Duru (UMR AGIR, INRA Toulouse)
Soutenue le : 12 Décembre 2013
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : Université Paul Sabatier (Toulouse III)
Financement : 100% INRA (ASC)
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

These SCIDYN

Optimal management of food-webs.

Période(s) : 6 mois en 2012, 3 mois en 2013
Laboratoires : Collaboration entre MIAT et CSIRO/Univ. of Queensland

Postdoc SCIDYN

Analyse des bases génétiques et moléculaires de la tolérance à la sécheresse chez le maïs par génétique d'association

Soutenue le : 06/01/2012
Directrice de thèse : Brigitte Mangin
Co-directeur : Pierre Dubreuil (Biogemma, Génétique et Génomique des Céréales)
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques,Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénieries (Toulouse III)

These SaAB

Analyse des interactions dynamiques entre le développement de la plante hôte, l’architecture du couvert et le développement d’une épidémie de maladie fongique aérienne : cas du pathosystème pois/ascochytose.

Directeur de thèse : Bernard Tivoli (UMR BiO3P, INRA Rennes)
Co-directeur : Robert Faivre
Soutenue le : 19 Novembre 2012
Ecole doctorale : Vie Agro Santé (Agrocampus Ouest)
Manuscrit (français)

These SCIDYN

Apprentissage de la structure de réseaux bayésiens. Application aux données de génétique-génomique

Soutenue le : 07/12/2012
Directrice de thèse : Brigitte Mangin
Co-directeur : Simon de Givry
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots-clés : modèle graphique probabiliste, réseau bayésien, optimisation sous contraintes, recherche stochastique gloutonne, apprentissage, génétique génomique, réseau de régulation de gènes
Manuscrit : Manuscrit (français), soutenance

These SaAB

Développement d'une méthode adaptative d'échantillonnage spatialisé pour caractériser la composition du stock semencier des espèces adventices à l'échelle de la mosaïque paysagère.

Directeur de thèse : Régis Sabbadin
Co-directrices : Sabrina Gaba (UMR BGA, INRA Dijon), Nathalie Peyrard
Soutenue le : 30 Novembre 2012
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit (français), transparents de la soutenance

These SCIDYN

Identification et caractérisation de nouveaux ARN non codant chez l'archée hyperthermophile Pyrococcus abyssi

Soutenue le :18/03/2011
Directrice de thèse : Béatrice Clouet-d’Orval (Laboratoire de Microbiologie et de Génétique Moléculaire, Université Toulouse III)
Co-directrice : Christine Gaspin
Co-encadrante : Annick Moisan
Ecole doctorale : Biologie - Santé - Biotechnologies (Toulouse III)
Mots-clés : ARN non codant, Pyrococcus abyssi, Thermococcales, Bio-informatique, Complexes ribonucléoprotéiques
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Détection des duplications en tandem au niveau nucléique à l'aide de la théorie des flots

Soutenue le : 28/11/2011
Directeur de thèse : Thomas Schiex
Co-directeur : Thomas Faraut (Laboratoire de Génétique Cellulaire, INRA Toulouse)
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots clés : Duplication, Tandem, Annotation, Graphe, Flot, ADN, Evolution
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Décompositions fonctionnelles et structurelles dans les modèles graphiques probabilistes appliquées à la reconstruction d’haplotypes

Soutenue le : 12/12/2011
Directeur de thèse : Simon de Givry
Co-directeur : Andres Legarra (Station d’Amélioration Génétique des Animaux, INRA Toulouse)
Ecole doctorale : Mathématiques Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Mots-clés : optimisation combinatoire, modèle graphique probabiliste, réseau de fonctions de coûts, reconstruction d’haplotypes, pedigree
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Les décisions d'assolement : une approche par modélisation et simulation a l'échelle de l'exploitation agricole.

Directeur de thèse : Jacques-Eric Bergez (UMR AGIR, INRA Toulouse)
Co-directeurs : Arnaud Reynaud (LERNA, INRA Toulouse), Frédérick Garcia
Soutenue le : 9 Décembre 2011
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques Vétérinaires Agronomiques Bioingénieries (Toulouse III)
Manuscrit (anglais)

These SCIDYN

Control of competitive contact processes on graphs : application to the control of interacting invasive species on a network of sites.

Période : 5 mois en 2010.
Laboratoires : Collaboration entre MIAT et University of Melbourne, Australian Centre of Excellence for Risk Analysis.

Postdoc SCIDYN

Analyse et conception de systèmes fourragers flexibles par modélisation systémique et simulation dynamique.

Directeur de thèse : Roger Martin-Clouaire
Co-directeur : Michel Duru (UMR AGIR, INRA Toulouse)
Soutenue le : 9 Novembre 2009
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques Vétérinaires Agronomiques Bioingénieries (Toulouse III)
Mots-clés : système fourrager, modélisation, simulation, diversité, flexibilité, comportement gestionnaire
Manuscrit (français)

These SCIDYN

Prédiction de gènes d'ARN dans les séquences génomiques

Soutenue le : 15/06/2009
Directeur de thèse : Christine Gaspin
Co-directeurs : Christine Cierco-Ayrolles et Christian Boucher (Laboratoire des Interactions plantes-microorganismes, INRA, Toulouse)
Ecole doctorale : Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques, Bioingénieries (Toulouse III)
Mots-clés : Noncoding RNA detection, Generalised Liner Models, Staphylococcus aureus, HMM, Ralstonia solanacearum, Viterbi training, Compositional bias
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Recherche d'ARN non-codants par réseaux de contraintes pondérées

Soutenue le : 12/12/2007
Directeurs de thèse : Christine Gaspin et Thomas Schiex
Ecole doctorale : Mathématiques, Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Un cadre algébrique général pour représenter et résoudre des problèmes de décision séquentielle avec incertitudes, faisabilités et utilités

Soutenue le : 17/11/2006 - Prix national de thèse ASTI 2007 (ANR)..
Directeurs de thèse : Thomas Schiex, Gérard Verfaillie (ONERA, Toulouse)
Ecole doctorale : École Nationale Supérieure de l’Aéronautique et de l’Espace
Manuscrit : Manuscrit (Version courte en français)
Manuscript : Manuscrit (Version longue en anglais)

These SaAB

Cartographie de gènes à caractères quantitatifs par déséquilibre de liaison

Soutenue le : 12/12/2006
Directeurs de thèse : Brigitte Mangin, Jean-Marc Azaïs (Institut Mathématique de Toulouse, Toulouse III) et Hubert de Rochambeau (Station d’Amélioration Génétique des Animaux, INRA, Toulouse)
Ecole doctorale : Mathématiques, Informatique et Télécommunications de Toulouse (Toulouse III)
Manuscrit : Manuscrit (français)

These SaAB

Stratégies et algorithmes pour la décomposition et la résolution de problèmes d’optimisation sous contraintes

Responsables : Thomas Schiex & Simon de Givry
Période : 01/07/2006 au 31/05/2008
Contrat ANR Blanc STALDECOPT

Postdoc SaAB

Design of mathematics and artificial intelligence tools for the mapping and sustainable management of crops pests using autonomous UAVs.

Responsables: Nathalie Peyrard, Régis Sabbadin et Florent Teichtel
Période : 11/13 à 11/15
Laboratoires : Collaboration entre MIAT et ONERA-DCSD
Echantillonnage et cartographie d’adventices, mise en oeuvre sur drônes autonomes.

Postdoc SCIDYN

Thèses et postdocs

Doctorant, Intelligence Artificielle, Génomique

Doctorant, statistique

Etienne Pujos

Aldair Martinez

Élise Jorge

Doctorant, Intelligence Artificielle

Doctorant, genomique, bioinformatique

Postdoc, statistique

Doctorante, informatique, statistique

Doctorant, Intelligence Artificielle

Doctorante, statistique

Doctorant, informatique

Thèses et postdocs terminés

Doctorant, statistique

Doctorant, statistique

Marine Albert

Paul Jourdan

IR, informatique

Fulya Ural

Jelena Vucinic

Manon Ruffini

Gaëlle Lefort

Leida Khajavi-Ettouati

Arij Azzabi

Nathanael Randriamihamison

Doctorante, informatique

Doctorant, mathématiques appliquées, informatique

Andrea Dreau

Doctorant, mathématiques appliquées, informatique

Postdoc, modélisation

Ivana Aleksovska

David Gaudrie

Hui Xiao

Léonard Torossian

Doctorante, mathématique appliquées, informatique

Sara Maqrot

Franck Cerutti

Alyssa Imbert

Mathieu Bourgais

Louison Dumond

Jérôme Mariette

Clément Viricel

Clément CARRE

Charlotte Dayde

Yann Dujardin

Lise Pomiès

Valérie SAUTRON

David SIMONCINI

Ludovic MALLET

Julia Radoszycki

Etienne Auclair

Thi Hong Hiep NGUYEN

Sebastian Le Coz

Elena CADIC

Magali CHAMPION

Mahuna Akplogan

Jessica DAVIES

Marion Sautier

Will Probert

Sofiane MEZMOUK

Benjamin Richard

Jimmy VANDEL

Mathieu Bonneau

Kounthéa PHOK

Eric AUDEMARD

Aurélie FAVIER

Jérôme Dury

Alana Moore

Guillaume Martin

Ana KOZOMARA

Matthias ZYTNICKI

Cédric PRALET

Simon BOITARD

Marti SANCHEZ

Alexandre Albore