Intégration de données métabolomiques par quantification de données haut débit et application à l’analyse des causes de la mortalité périnatale chez le porc

• Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (MIAT, INRA), Rémi Servien (InTheRese, INRA), Laurence Liaubet (GenPhySE, INRA), Hélène Quesnel (PEGASE, INRA)
• Soutenue le : 02/07/2021
• Ecole doctorale : MITT
• Etablissement : Université Toulouse Capitole (Toulouse I)
• Financement : 50% départements MIA/GA/SA - 50% #DigitAg

Durant sa thèse, Gaëlle Lefort a mis au point une méthode automatique de quantification de spectres métabolomiques 1H RMN et appliqué sa méthode à la recherche de biomarqueurs de la maturité des porcelets à la naissance. Son travail a donné lieu à plusieurs publications :

• Lefort, G., Liaubet, L., Marty-Gasset, N., Canlet, C., Vialaneix, N., & Servien, R. (2021). Joint automatic metabolite identification and quantification of a set of ^1H NMR spectra. Analytical Chemistry, 93(5), 2861–2870.

• Lefort, G., Servien, R., Quesnel, H., Billon, Y., Canario, L., Iannucelli, N., Canlet, C., Paris, A., Vialaneix, N., & Liaubet, L. (2020). The maturity in fetal pigs using a multi-fluid metabolomic approach. Scientific Report, 10, 19912.

• Lefort, G., Liaubet, L., Canlet, C., Tardivel, P., Père, M.-C., Quesnel, H., Paris, A., Iannuccelli, N., Vialaneix, N., & Servien, R. (2019). ASICS: an R package for a whole analysis workflow of 1D 1H NMR spectra. Bioinformatics, 35(21), 4356–4363.

à des communications dans des conférences (Rencontres R 2018, ECCB 2018, Metabolomics 2019, useR! 2019, Metabolomics 2019, JdS 2019, Metabolomics 2020, Metabomeeting 2020) ainsi qu’au développement d’un package R/Bioconductor package: ASICS.