Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

• Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Andrea Rau (INRAE, GABI)
• Début de thèse : 1er octobre 2023
• École doctorale : MITT
• Établissement : INSA Toulouse
• Financement : 100% PEPR Agroécologie et numérique - AgroDiv

Résumé : Ce projet de thèse se propose de développer des méthodes d’analyse statistique pour explorer la diversité génétique inter-espèces. De manière plus précise, il s’inscrit dans le cadre du PEPR Agroécologie et Numérique (AgroDiv) qui ambitionne une caractérisation fine de la variabilité génétique sur la base d’une collection étendue d’espèces botaniques et animales qui pourraient présenter un intérêt pour l’agriculture, particulièrement dans un contexte de mutation environnementale forte et de changement climatique. Dans ce cadre, le/la doctorante sera en charge de la mise au point de méthodes d’intégration de données omiques pour explorer les relations entre marques génétiques d’intérêt et signaux transcriptomiques ou épigénétiques. Ces méthodes seront la base pour la définition de relations spécifiques à une espèce donnée ou, au contraire, conservées entre espèces et permettront une meilleure caractérisation de la variabilité des phénomènes de régulation dans une race donnée.