Développement et mise en oeuvre d'approches d'apprentissage pour l'étude des modifications de l'ARN en lien avec l'adaptation au changement climatique chez Arabidopsis thaliana

• Directeurs de thèse : Christine Gaspin (INRAE, MIAT), Julio Saez Vasquez (LGDP-CNRS, Perpignan), Benjamin Charlier (INRAE, MIAT), Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT)
• Début de thèse : 1er Octobre 2025
• École doctorale : SEVAB - Sciences Ecologiques, Vétérinaires, Agronomiques et Bioingenieries Modalités de candidature
• Établissement : Université de Toulouse
• Financement : PEPR AgroNum

Résumé :L’épitranscriptomique, définie par l’ensemble des modifications des ARNs (plus de 170 modifications répertoriées), introduit une couche supplémentaire de complexité dans l’étude de la régulation de l’expression des gènes et de leur traduction. De nombreux travaux ont mis en évidence l’importance de ces modifications dans plusieurs processus biologiques essentiels. La technologie d’ARN direct développée par Nanopore est prometteuse, car elle permet théoriquement d’accéder à l’ensemble des modifications à l’échelle de l’épitranscriptome complet. Elle a notamment permis de confirmer l’impact majeur des modifications chimiques de l’ARN dans le domaine de la santé. Plusieurs verrous méthodologiques restent cependant à lever pour exploiter au mieux cette technologie. Nous proposons de lever certains de ces verrous par le développement de méthodes d’apprentissage profond. Dans le cadre de cette thèse, nous proposons de développer et/ou d’améliorer les méthodes d’analyse en utilisant des données publiques ainsi que des données générées sur la plante modèle Arabidopsis thaliana, afin d’identifier des signatures épitranscriptomiques associées à la tolérance au stress (thermique et hydrique).