EuGene est un logiciel d’annotation de génomes eucaryotes intégratif. La prédiction finale produite intègre des analyses statistiques (contenu statistique, sites d’épissage…), des données de similarités (protéines, transcrits, EST, RNASeq…) ou de conservation entre génomes, des prédictions existantes, des prédictions de régions répétées ou non fonctionnelles… Il a été utilisé à Toulouse pour annoter et réannoter de nombreux génomes (Arabidopsis thaliana, Medicato truncatula, Tomate, cacao…) et beaucoup plus largement par d’autres laboratoires. Une version procaryote (EuGene-PP) totalement automatisée est également disponible.