SaAB

Deep learning pour l’amélioration d’assemblages

Directeurs de thèse : Matthias Zytnicki (MIAT, INRAE), Raphaël Mourad (MIAT, INRAE), Guillermina Hernandez-Raquet (INRAE, TBI)
Début de thèse : 1 novembre 2024
École doctorale : MITT
Établissement : Université Paul Sabatier
Financement : 50% Région Occitanie + 50% EUR BioEco

Alexis Mergez

01 nov. 2024

These SaAB

Impact de l’environnement nucléotidique sur l’évolution de l’hémagglutinine des virus influenza A

Directeurs de thèse : Romain Volmer (UMR 1225 IHAP INRAE ENVT), Christine Gaspin (UR0875, INRAE, MIAT)
Co-encadrante : Claire Hoede (UR0875, INRAE, MIAT)
Début de thèse : 1er Décembre 2023
École doctorale : SEVAB
Établissement : Université de Toulouse III Paul Sabatier
Financement : ANR « RISKEVOL » et projet européen ICRAD « FLU-SWITCH »,

Aldair Martinez

01 déc. 2023

These SaAB Genotoul Bioinfo

Analyse comparative de données de génomique 3D

Directrices de thèse : Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Début de thèse : 1er octobre 2023
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : DG INRAE

Élise Jorge

01 nov. 2023

These SaAB

Analyse des graphes de pangénome

Encadrants de thèse : Claire Lemaitre (Inria, Genscale), Thomas Farault (INRAE, GenPhySE), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED601 MATISSE
Établissement : Université de Rennes-I
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Siegfried Dubois

01 oct. 2023

These SaAB

Intégration de données multi-omiques appariées à grande échelle

Directrices de thèse : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT), Andrea Rau (INRAE, GABI)
École doctorale : MITT
Jusqu’à septembre 2024
Établissement : INSA Toulouse
Financement : 100% PEPR Agroécologie et numérique - AgroDiv

Jeong Hwan Ko

01 oct. 2023

These SaAB

Transfert d'annotations génomiques par graphes de pangénomes

Encadrants de thèse : François Sabot (IRD, PANIC), Matthias Zytnicki
Début de thèse : 01 octobre 2023
École doctorale : ED584 GAIA
Établissement : Université de Montpellier
Financement : PEPR Agroécologie & Numérique

Nina Marthe

01 oct. 2023

These SaAB

Empreintes génomiques de la sélection et effet de la variation génétique sur les phénotypes de deux espèces d’arbres forestier (le chêne sessile) et fruitiers (l’abricotier) : focus sur les variants structuraux

Encadrants de thèse : Véronique Decroocq (INRAE, BFP), Benjamin Linard (INRAE, MIAT)
Début de thèse : 14 septembre 2023
École doctorale : ED154 SVS
Établissement : Université de Bordeaux
Financement : Bourse ministèreille, MESR

Ismaël Blanchard

14 sept. 2023

These SaAB

Méthodes statistiques d'inférence de réseaux de régulation de gènes.

Encadrantes : Nathalie Vialaneix (INRAE, MIAT) & Anne Goelzer (INRAE, MaIAGE)
Période : 2023-2024

Rocher Vincent

01 août 2023

Postdoc SaAB

Analyse de données de transcriptome à l’échelle de cellules uniques pour étudier la maturation postnatale de l’intestin

Directrices de thèse : Martin Beaumont (GenPhySE, INRAE Toulouse) et Nathalie Vialaneix
Ecole doctorale : SEVAB
Etablissement : INP Toulouse
Financement : Projet MetaboWean, financé par l’ANR, programme JCJC

Tania Malonga

01 nov. 2022

These SaAB

Développements de modèles statistiques pour l’analyse et l’intégration de données omiques longitudinales, application aux photogranules

Directrices de thèse : Rémi Servien (LBE, INRAE Narbonne), Nathalie Vialaneix et Marie Tremblay-Franco (Toxalim, INRAE Toulouse)
Début de thèse : 1er octobre 2022
Ecole doctorale : I2S
Etablissement : Université de Montpellier
Financement : Projet PANORAMICS, financé par l’ANR, programme JCJC

Camille Guilmineau

01 oct. 2022

These SaAB